Querrás decir: borra las particiones de Ubuntu, crea o extiende las de Windows * y entonces instala Windows en la partición de Windows. Y no, el instalador de Windows Vista no lo va a hacer sólo a menos que se lo indiques claramente.
Que la gente parece que se piense que Windows es tan fácil que no tiene cosas tan complicadas como particiones, y no es verdad.
* (o bien formatealas directamente y te ahorras borrar->crear, pero entonces tendrás más de una partición de Windows, incluyendo una muy pequeña de "swap" que no servirá para nada)