En la nueva distro selecciona particionamiento manual o avanzado o como venga en dicha distro, y seleccionas esas dos particiones para usarlas como / y /home, seguramente ya te las formatee sin decirle nada más, si no es así las formateas antes y listo, no tiene demasiada complicación-
O incluso si no quieres liarte ni lo más mínimo o no conoces el instalador de la distro que vayas a poner podrías formatearlas desde Debian con Gparted y luego instalar.