Digamos que si una futura actualización de Nintendo deja tu consola brickeada por tener cIOS o el canal homebrew, Nintendo estaría en un buen lío legal.
Ni cIOS ni el canal homebrew ni nada que se AÑADA a la consola sin tocar lo existente puede causar problemas a no ser que Nintendo explícitamente así lo desee. Es decir, que lo máximo que pueden hacer legalmente es borrarlos, pero si te brickean la consola es prácticamente imposible que sea "por error" - sería deliberado, y ellos no van a hacer eso por la cuenta que les trae.