Se arregla moviendo la ventana al escritorio ke kieras
Weno, mas en serio... pues sera cuestion de la configuracion de compiz. Hay varias opciones que son de "colocar las ventanas", no recuerdo ahora mismo el nombre exacto.
Yo de ti, activaria uno, probaria si es lo ke busco, y sino.. desactivas y buscas otro.
Seguramente sea eso. Sino, suerte!!