De los que mencionas únicamente he estado en Japón (y me encantó). Pero lo mejor que puedes hacer es informarte bien de qué te gustaría ver en cada sitio, si es viable el desplazamiento una vez en destino (igual te gustan cosas que están separadas por una distancia considerable), el tipo de actividades que deseas hacer, etc.
Respecto a viaje organizado, depende de cómo seas de autosuficiente y de lo que sepas del lugar. Para el que no conoce nada y no se quiere complicar la existencia, el viaje organizado es lo mejor. Pero a día de hoy, que existe internet y podemos informarnos de todo perfectamente, yo prefiero organizar las cosas por mi cuenta. Así lo hice en Japón y me fue estupendamente, estuve el tiempo que quise en cada sitio que me apetecía, sin tener que seguir itinerarios. Si un día me apetecía repetir en Akihabara, pues allá que iba. ¿Que descubría un museo que no conocía y quería verlo? Pues sin problema.
Eso sí, el clima para finales de Junio en Japón es horrible. Lluvia y calor. No lo he experimentado de primera mano, pero tampoco me apetece hacerlo.
En cualquier caso, en misce tienes un hilo dedicado en exclusiva a viajes a Japón, por si quieres curiosear.
Pero vamos, en internet hay información de todo tipo sobre cualquier lugar. Si no eres capaz de buscarla por ti mismo, entonces no te aventures fuera de un viaje organizado.