Unas de las cosas que se pueden hacer en Linux, es pausar un proceso. El proceso sigue cargado en memoria pero no se le asigna tiempo de CPU.
Esto se puede hacer desde la terminal o desde el administrador de tareas. Pero me pregunto si hay alguna forma para pausar el proceso de la ventana actual con una combinación de teclas (y renaudarlo con otra combinación de teclas).
La cosa es dejar el eclipse abierto para cuando lo necesite, pero no quiero que me empiece a hacer sus escrituras random en el disco duro, pues el proyecto está sincronizado por dropbox y el pobre tiene que estar indexando y enviando archivos todo el rato.