Sin saber si es FAT o SLIM, te dire que lo unico que puedes hacer es extraer el contenido del HDD con algun programa adecuado para ello,estilo PS3 HDD Toolbox o similares,que te vale para descifrar y cifrar el HDD de nuevo; o eso dicen, porque yo nunca he logrado recifrar el contenido extraido.Sea como fuere necesitas tener la EID root key dumpeada de esa consola porque sino el programa no te sirve absolutamente de nada.
Lo raro es que el spoof escriba algo en el HDD si la consola es fat,ya que no almacena ningun dato de la flash en el HDD,mas bien tiene pinta de ser algun problema en algun archivo de inicio,en el xregistry.sys o algo parecido que se almacenan en la flash2.
Prueba con el PS3 HDD Toolbox y a ver si tienes suerte.Acuerdate de no instalar pkg que encuentres por internet porque te puedes llevar alguna sorpresa.No es muy dificil crear un pkg que te brickee la consola
Un saludo