El CSO es un archivo ISO comprimido,mientras que el ISO es un archivo tal y como lo extraes del UMD.En cuanto a si afecta al funcionamiento,afecta en lo referente a la velocidad de lectura,en algunos juegos se observan tirones graficos y de audio(en CSO),mientras que en ISO no ocurre,o mucho menos.Normalmente se soluciona subiendo la velocidad de la CPU de PSP.
Espero que te haya quedado claro,aunque te van a decir que uses la busqueda ya que esto esta hablado no...se han escrito hilos y hilos sobre estos temas.