Sí, hay una diferencia de rendimiento abismal entre ambos, el R5 5500U tiene 6 cores/12 threads vs 4 cores/8 threads del R5 3500U, ahora, si solo vas a usar el equipo para cosas sencillas (como un HTPC o un equipo para ofimática o juegos muy, muy sencillos p.ej.) que no requieran de gran cosa y hay una diferencia de precio importante, pues puede que con el R5 3500U te sobre entonces, pero si la diferencia de precio es pequeña, entonces mejor el R5 5500U, desde luego.
Saludos.