Es tal y como comenta John_Wheel.
Hay varias opciones para lo que quieres hacer: lo más sencillo sería o bien utilizar directorios relativos, o bien definir una ruta base en un archivo config que se importe allá donde se necesite. Para cosas pequeñas dicho archivo de configuración es suficiente, y es algo que utilizo normalmente, siempre tengo una estructura mínima porque los scripts pueden crecer; pero si uno quiere hacer algo grande, lo mejor es siempre utilizar un framework.
Un saludo.
