AMD64 es como se le dice a la versión 64bit para los CPUs con arquitectura x86 de 64bit, por que fue AMD la primera en plantar al usuario los 64bit mientras Intel mareaba la perdiz. (creo que se tiraron 1 año sin 64bit y despues lo fueron metiendo a escondidas sin apenas publicidad ni indicacion en el nombre, tenias que mirarte si era 32bit o 64bit mirandote el modelo, habia algun P4 de 64bit creo que los ultimos con nucleo prescott, después pitorreo con los Coreduo que eran de 32bit, y hasta la salida de los Core2duo Intel no se dejó de tonterias y ya eran todos 64bit)
Así que i386 a secas es los 32bit para CPUs x86, y AMD64 para los x86 que sean de 64bit.
Cualquier otra versión que no sea para x86 o x86 de 64bit NO FUNCIONARAN en tu PC, por que ya hablamos de CPUs diferentes y que funcionan de otra forma, así versiones para ARM, PowerPC y otros tantos son incompatibles.
Sobre que se te haya instalado la versión de 64bit cuando la ISO era la de 32bit, o bien te has bajado una versión híbrida que incluye las 2 versiones (que ya empieza a haberlas), o estas confundido por alguna razón.