Haber, tienes dos opciones, dos certificados digitales distintos:
1.- El que esta dentro del DNIe.
2.- El que emite la FNMT.
Practicamente todas las paginas que lo necesiten funcionan tanto con una u otra, es decision tuya cual prefieres usar.
Ventajas del DNIe: No hace falta hacer nada aparte de sacarse el carnet, los certificados vienen dentro del carnet y te dan los pins con el dni.
Desventajas: Necesitas un lector de tarjetas. Se caducan cada 2 años teniendo que pasar por la oficina de renovacion a renovar los certificados (sin cita previa, abajo de explico mas el proceso).
Ventajas del FNMT: No hace falta pin una vez que instales. Tiene mayor duracion asi que tendran que renovar menos veces.
Desventajas: Solo funciona en los pcs donde este instalado (puedes instalarlo en varias, exportando desde uno en el que este instalado).
Mas comodo para ellos? Yo diria que si haces tu el setup el del FNMT, dado que esta instalado en el pc, no hace falta lector, se renueva menos y no hace falta recordar un pin.
Si pides a papel o mediante la pagina web usando el DNIe en ambos casos el certificado obtenido es el mismo. Lo que es distinto es el modo de tramitarlo.
El DNIe lo puedes usar en cualquier pc (que tenga lector) pero el certificado del FNMT que obtienes con el, al igual que el que obtuviste tu (entiendo que mediante el proceso en papel) seria el mismo, por lo que solo funcionaria en los ordenadores en los que tuvieras instalado.
Si no tienen el pin del DNIe puedes hacerles la solicitud de papel, iendo a hacienda y tal a firmar, o pueden ir a renovar los certificados del dni electronico. Para esto ultimo, hay que ir a las oficinas donde renuevan el carnet, y en una maquinita que hay en la entrada, renovar por un lado el certificado y cambiarle el pin por otro. La maquinita usa la huella dactilar para reconocerles asi que tienen que ir ellos en persona.
No se si me explique lo suficientemente claro, si te quedan dudas dilo