El .WAD es el resultado de empaquetar diferentes .app entre otros archivos (como el tik, tmd....). En el proceso de instalación se desempaqueta e instala los .app
Se supone que hay varias formas de instalar .app en la wii, como muchos sabéis el canal homebrew no viene en formato .WAD, ya que los Twiizers han echo un instalador propio.
El resultado es el mismo por lo que yo se.