Lo que comenta eGladiator es cierto. Hay muchísimos hilos hablando de ese tema. (Te lo digo por experiencia, ya que los he leído casi todos en los últimos días para decidirme)
La diferencias es que el M3 Lite PRO no permite cargar backups de GBA de más de 4 MB de capacidad, es decir, casi todos.
Es más barato sencillamente por eso.
Salu2.