En la Family Edition hay un par de juegos de Wii que no funcionan porque usaban los puertos de GameCube, pero son chorradas: la familia Active Life por ejemplo.
El modo GameCube puedes usarlo con la scene, pero con backups. La consola creo que no lee discos originales como sí hace la primera Wii. Y creo que no hay más diferencias.
Edit: Hay una diferencia poco importante, pero curiosa más. El juego Tales of Symphonia: Dawn of the New World de Wii permite importar partida del Tales of Symphonia de GameCube, para ello necesitas usar una tarjeta de memoria de GC con la partida guardada y así poder importarla. Evidentemente esto tampoco lo puedes hacer en tu modelo de Wii pese a que puedes jugar y completar el Tales of de GameCube con la scene.
La partida importada creo que da objetos, no afecta en la trama ni nada.