Bueno haber si te puedo aclarar un poco la cosa. Yo los pondria en este orden segun mi criterio:
1.-Mldonkey
2.-aMule
3.-xMule
Haber, el que mas se parece al eMule de win es el xMule, que como has dicho es el sucesor del lMule. A mi es el que menos me gusta, porque consume mucho recursos y en la 1.6.1 no aceptaba servidores que usaran la tecnologia zlib (SEDG por ejemplo). Luego pondria el aMule, que es un poco mas cutre, pero consume poco y va muy bien. Este si acepta servidores zlib.
El mejor sin duda es el mldonkey. este no es una version del edonkey de win. Lo que es en si el mldonkey es un demonio, osea, un programa que se ejecuta de manera transparente sin que el usuario se de cuenta. Esto obviamente ahorra muchos recursos del sistema. Para manejarlo o bien se puede manejar desde el firebird por ejemplo, poniendo en la barra: localhost:4080. Tambien se puede manejar desde una consola con telnet o con una GUI (a mi me gusta mucho KMldonkey). Ademas te conectas a mas de un servidor a la vez, y a los 10 minutos de tenerlo abierto ya se me pone 3Kb con modem de 56kb.
Saludos y espero haberte ayudado
Agur!!!!