2DS: no tiene 3D, es un poco menos portátil, cuesta más barata, un solo altavoz. Puede ser mas cómoda al jugar para algunas personas.
3DS: 3D, al ser plegable es mas fácil de transportar.
Por lo demás son prácticamente iguales, soportan los mismos juegos y tienen las mismas aplicaciones.
El 3D para mi es algo secundario, si la quieres para Pokémon, un juego con muy pocas escenas 3D y no la vas a sacar mucho de casa, te recomiendo la 2DS y con lo que te ahorras puedes comprar otro juego por ejemplo. De todos modos estoy seguro que cualquiera que compres será una buena elección.
Saludos!