No te lo puedo asegurar al 100% pero creo que la dificultad que tu predeterminas en las opciones es solo valida para el modo arcade y creo que nada mas. En el modo maestro de armas, la dificultad de la mision te la indican con unas estrellitas que aparecen y en el modo conrarreloj, si te fijas, al elegir por ejemplo alternativo, abajo del todo te pone la dificultad que tendras y asi con todos los modos.
Enga