Me ha pasado algo similar y estoy esperando que el problema se resuelva, y aunque no es mucha cantidad de dinero me ha fastidiado bastante porque sobre todo QUIERO comprar juegos en la eshop... pero hasta que no se resuelva pues evidentemente no compraré.
En cuanto a lo de la tarjeta, tengo una de prepago y hasta ahora siempre he pagado con ella. El problema es la desinformación por parte de Nintendo, puesto que les he llamado y o son duros de cabeza o son sordos, porque por más que les he explicado que ya he realizado compras con esa tarjeta, ellos insisten en que no se puede y que ese es el problema.
Para ayuda de todos, el problema ya sé cuál es, y no es la tarjeta, es sencillamente el clásico error que se produce con nintendo y las redes, si por alguna causa ha habido un error en la transmisión de datos, la operación se trunca, en mi caso ha sido porque el router tenía el firewall puesto y esto hubiese pasado si en vez de comprar hubiese intentado bajar una demo que al principio te empiezan a bajar una cantidad limitada de bytes del juego y que luego salta el error de marras y que solo pasa con nintendo (tanto 3ds como wiiu) puesto que con las demás consolas no pasa.
Conclusión, antes de realizar compra ninguna en la eshop, confirma que tienes bien la red (en mi caso mirar la configuración del router con firewall desactivado) para evitar un error a mitad de la compra (curioso que deja meter datos de la tarjeta y después te dice que no es válida.. por joder que no quede)
Pd. Mi puto router (no lo puedo sustituir por otro porque es del que me presta servicios de internet) se activa el firewall si alguna vez se ha quedado sin corriente (esto no lo sabes salvo que entres en la configuración del router)