Nunca he tenido que hacerlo en un Mac... xD
Busca en Google "formatear fat32 mac os" que veo que hay bastante información.
Seguro que el programa que uses te ofrecerá hacer un formateo rápido o lento, lo haces lento y a esperar (según la capacidad puede tardar mucho, más de una hora y si hay sectores defectuosos aún más, no te impacientes que es normal).