Supongo que te refieres a una copia de seguridad de los cambios, no? Podrías hacer esto por ejemplo con OwnCloud (viene siendo como Dropbox pero no es un servicio sinó un software, lo instalas tú como server).
También existe rsync que podría hacer lo que buscas.
Eso sí, no tengo ni idea de si son compatibles con el SO que tiene ese server.