Hola, yo te aconsejo que lo hagas interno. Por la sencilla razon, de que en el externo no vas a poder meter los dlc para que funcionen. Además de que no ocupa espacio. El único inconveniente que le veo, es el pasarle juegos, pero vamos, yo lo hago por ftp, y funciona muy bien y sin problemas.
Como bien has dicho el xexmenu, hay que ejecutarlo desde la memoria de la consola, pen preparado para ello, o dvd.
Eso si, yo para que todo funcione bien, te aconsejaría que hagas las particiones, tal y como funciona el original. Por este foro, hay un tutorial, de como hacerle las 3 particiones, con un programita y un editor hexadecimal. Lo explica muy bien, y es sencillo.
Un saludo.