Creo que te estas liando mal entre 2 cosas distintas. No tienes que usarlo como dispositivo de memoria( que esta limitado a 16gb en el caso de los usb) para usarlo en el freestyle... simplemente mete dentro del disco duro las aplicaciones/juegos que quieras y configura bien las rutas, sin mas complicaciones y podrás usar toda su capacidad.
Eso que has hecho y que solo te detecta 16gb el nxe seria para usarlo como unidad de memoria... el nxe nunca te va a reconocer mas capacidad en un disco duro usb de este modo. Para que desde el nxe te reconociera el disco duro, tendria que ser un disco duro oficial, o uno con conexión s-ata bien configurao ^^.