NTFS y FAT32 es el formato que tiene el disco, MacOSX nativamente trabaja en HFS+, que es otro sistema, los anteriores citados son nativos de windows.
NTFS te permitirá copiar en el disco duro archivos mayores de 4gb, mientras que fat32 no.
para NTFS tendrás que instalar algún plugin aparte (no sé si en ML ya lo soporta), para FAT32 no.
para el tema de time machine, tendrás que tener al menos una partición por cojones en HFS+, ya que time machine no trabaja con otra, así que te quedas un poco en bragas y si quieres hacer copias, yo dedicaría al menos esos 500gb en su totalidad para time machine (así lo tengo yo), pero tendrás la contra de que no podrás usarlo de manera nativa en los demás sistemas Windows y demás.
no sé, si quieres arriesgarte a quedarte sin espacio de backups, métele 400gb en HFS+ y el restante en NTFS para pelis y cosas así.