Yo tengo un disco duro de 500Gb en una fat que venía de origen con 80Gb, así que no creo que tengas problemas con el que comentas al ser una consola más moderna.
En cuanto a lo del formato, sinceramente no recuerdo si lo hace en fat32, creo que usa un formato swap, como Linux, pero no me hagas mucho caso ya que hace años que lo cambié y no lo recuerdo. Lo que sí hace es formatearlo la propia consola e instalar los archivos necesarios para poder funcionar con él.
Antes de cambiar el disco duro haz copia de seguridad de todo en uno externo (éste último sí debe estar fomateado en fat32 ya que no reconoce ntfs) para luego poder restaurar las partidas y todo el contenido que tienes.
