En cuanto al disco duro secundario que se te ralentiza, intenta que no haya ningun programa instalado en el (imagino que en este disco duro no tienes Windows instalado), ademas la memoria virtual pasala mejor al disco duro primario ( a pesar de ser recomendable que trabaje en otro disco duro alternativo si hay), es decir haz lo necesario para que ese disco duro solo lea cuando accedas a algun dato del mismo, o al menos lo minimo posible.
Ahora otra cosa muy importante, mira que no este sobrecalentado, porque con estas temperaturas podria joderse, tambien el calor los ralentiza, asi que te aconsejo un ventilador de disco duro y ademas que lo separes lo maximo del otro disco duro.
Saludos