"System Volume Information" y, posiblemente "Recovery" pueden contender archivos y no van a aparecer en WinDirStat.
Prueba el "Liberador de espacio en disco", "Limpiar archivos del sistema", "Más opciones" y finalmente "Restaurar sistema e instantáneas".
OJO: vas a liberar información de backup de archivos.
PD: seguramente ya te pasaba antes, pero por el delta del espacio no te habrás dado cuenta. Mi equipo tiene 44Gb de datos en archivos según WinDirStat, 49Gb según Windows
PD2: la discrepancia puede deberse a que WinDirStat te muestra la suma del tamaño de los archivos, la captura de pantalla del software de particionado te muestra la suma del espacio ocupado de los sectores asignados, tanto la parte ocupada por el archivo como la que se desperdicia por ocupar sectores enteros.