Todo depende de según que programas de recuperación de datos estemos hablando. Por lo general, los más usados no tienen problemas en trabajar en un esquema de particiones u otro, les interesa más saber el sistema de ficheros más que el sistema de particiones.
Obviamente, cuando no estamos alcanzando límites, no hay diferencia práctica entre usar un sistema u otro. No obstante, para poder utilizar mejor las funciones de equipo, es mejor usar GPT; pero no por el sistema de particiones en sí mismo, si no por que así nos aseguramos que el sistema operativo inicia en modo EFI y accede adecuadamente a los recursos de hardware. Además de que a nivel operativo, al alejarnos de los límites y usar nuevas funciones, es mucho más cómodo.
Hay que ir evolucionando e ir abandonando tecnologías pasadas. Yo sólo usaría ya MBR si necesitara aplicar algún tipo de retrocompatibilidad. De otra forma, GPT.
