No, si ya le diste formato no es necesario darle de nuevo para reinstalar.
¿Pero si entiendes lo que es aplicar formato?, porque al formatear nuevamente, entre otras cosas, estas borrando listas [tabla] de contenido de los archivos, y al borrar dicha tabla es como si borraras los archivos que ya estan en el disco.
Te recomiendo hagas una PARTICION al disco duro, asi tendras DOS VOLUMENES [como si fueran dos discos independientes], en uno metes sistema operativo y programas y en el otro volumen metes los documentos que generes o los que bajes o copies, asi cuando requieras reinstalar windows, puedes formatear el volumen donde instalar windows, y el otro volumen seguira intacto [porque, y repito, es como otro disco independiente]