Si lo quieres formatear desde Windows, pinchas el disco como esclavo en el IDE1 o como maestro o esclavo en el IDE2.
Vas al Panel De Control -> Herramientas Administrativas -> Administracion De Equipos -> Administracion De Discos, te preguntara si quieres poner el disco como Dinamico o ¿Basico?, lo dejas como Basico.
Ahora tienes que crear la/las particiones que quieras, en la parte de abajo te aparecen los discos duros y CDs que tengas, busca el disco nuevo y dandode con el boton derecho del raton te aparecen las opciones para crear las particiones, durante el proceso te preguntara el tipo de formato que le quieres dar.
Si lo quieres formatear desde la instalacion de Windows, sigues el asistente de la instalacion hasta que llegas a una pantalla donde te pregunta en que particion quieres instalar, te apareceran los discos duros que tengas con sus particiones, buscas el muevo y te pondra que solo tiene espacio sin particionar, si lo seleccionas te creara una particion con todo el espacio y despues te preguntara el formato que le quieres dar.
Saludos