Puede que esté creando puntos de restauración automáticamente.
Aparte de esto hay programas como Spotify, que realmente guarda todo lo que escuchas en tu HDD/SDD, y cuando te das cuenta tienes unos cuantos GB.
También hay una carpeta que se empieza a llenar y no para, los programas como Chrome, Sony Vegas entre otros tanto, empiezan a almacenar cache y otros temporales y cuanto te das cuenta tienes mazo de GB, la ruta es esta:
C:\Users\TuUsuarioAppData
Mira a ver lo que ocupa, para ver si viene de ahí el problema (de los programas) o es de Windows.
También puedes usar CCleaner para hacer limpieza.