A mi me ha pasado alguna vez lo mismo que a ti pero en Windows y con un disco Seagate de 3TB alimentado externamente, es USB 3.0 y me pasa solo en Windows 10, en el 8 me iba correctamente. No obstante me pasa como tu has dicho al pasar archivos grandes, si son cosas sencillas tipo 200mb, 1GB no hay problema, pero si paso una iso de 40-50 GB a la mitad se para y se expulsa solo (ya te digo que solo en Windows) también en OSX he tenido alguna problema (2 veces exactamente) que el disco no podía volver a montarlo nunca más, de buenas a primera se desmontaba (supongo que cuando el iMac se suspendía) y cuando volvía a usar el equipo ya no aparecía en ningún sitio, miraba en utilidad de discos y no podía montarlo, estaba ahí pero no podía.
Sin embargo en Windows si me lo reconocía.
La primera vez lo solucione borrándolo entero y creando las particiones de nuevo (lo tengo dividido en 2, una NTFS de 750GB y otra de 2,25TB en HFS+, la que se estropeaba era la HFS+) La segunda vez me tocó las narices por que pensaba que era del disco y al final era del sistema operativo, que el archivo de registro que crea en la carpeta estaba corrupto, fue deshabitar el registro de la utilidad hfs.util del sistema y volvió a la vida.
Te sugiero que hagas esta prueba en Windows también para comprobar que no es del disco físico, pues puede ser un error del sistema operativo como lo que me ocurría a mi. En este caso no es solo un error de El capitán, pues pasa desde OSx Mavericks, solo que en El capitán, han cambiado la utilidad de discos y la aplicación hfs.util está oculta en otra carpeta xD (para buscarla fue un buen majao
).
No te puedo ayudar más por que no se si será del cable USB o de los puertos USB del equipo o del propio software, puede ser cualquier cosa, pero lo importante es que vayas descartando poco a poco hasta que des con el fallo.