Dependiendo del sistema operativo, te deja un máximo de Gb en cada partición de disco.
Windows 98/Me reconoce todo el disco con formateo en FAT32.
Desventajas de tener todo en una partición: si se te jode (muy poco usual) la tabla FAT (donde se guarda la información de directorios y ficheros) pierdes todo el disco. Mientras que si tienes varias particiones, por lo menos te queda el resto.
También se hacen particiones para tener varios sistemas operativos en en mismo HD. Todo depende de lo que vayas a hacer.
¿Que sistema operativo tienes? ¿Qué es lo que vas ha hacer?
Saludos.