Las cajas de los Discos Duros externos son distintas para los SATA y para los IDE.
LA velocidad no se si se notara, supongo que si pero vamos.... poca diferencia...
Para pasar los juegos de un disco a otro tendrias que usar algun programa que hay para pasar las ISO's del PC al DiscoDuro, el WFBS Manager (creo que se llamaba) tiene opcion para clonar discos duros, las partidas guardadas se guardan en la Wii / SD no en el discoduro.
Salu2!