El problema FranXp es que es dificil encontrar discos duros de 40 GB, que tal vez sean restos. Y por casi el mismo precio tienes uno de 80 GB .
Si solo has llenado 5 GB sera porque no descargas de Internet o no juegas mucho. Yo por ejemplo el juego Unreal Tournament 2003 ya me ocupa 3 GB y con los niveles extra ronda los 6 GB y asi desgraciadamente casi todos los juegos (que tiempos aquellos en que un juego ocupaga 64 KB !!)
El formateo no tarda tanto porque son unidades muy rapidas.
Respecto a las particiones si son FAT 32 yo te recomiendo que no superes los 8 GB por particion, o en todo caso los 16 GB. Cada vez que se supera la linea de 8,16,32, ... se duplica el tamaño del cluster y se desperdicia el doble de espacio.
Yo tengo un 80 GB Western Digital en mi viejo K7 800 MHz y estupendo, acelero el sistema operativo (ponlo como unidad principal, C:, ...)
Un saludo.