También tendrá que ver con el asunto de que la tabla de localización de archivos divide el disco duro en clústers de x tamaño, desde 512 bytes (el tamaño típico de los clústers físicos del propio disco) hasta 64 KB, dependiendo del tamaño de la partición. Pero en cada cluster sólo se puede poner un archivo, así que si tienes clústers de 4 KB y se graba un fichero de 1 KB, sobran 3 pero no se podrán ocupar, por lo tanto usas en la práctica 4.
La diferencia que tienes es bastante grande, así que seguramente será lo que comenta Batousay, pero también tiene parte de "culpa" lo que te comento, especialmente si usas FAT32, que no permite compresión de archivos como el NTFS.
salu2