No, no es que sean mejores, algunos discos de 3'5 pueden tener algo más de velocidad en lectura/escritura. Y otros pueden ser susceptibles de no reconocerse (son los menos la verdad). Simplemente es por la característica que comento, hay una opción de dashlaunch para que mantenga vivo al disco duro y no entre en modo suspensión.
De hecho los discos de 2'5, si no llevan alimentación externa, creo que pierden algo de eficacia por esto mismo, por coger la alimentación del USB.
WD, Maxtor, Seagate... depende de los modelos unos son mejores que otros, aunque para disco externo todos pueden ser una buena opción. Al menos es mi opinión. Luego ya para cada uno hay gustos, como colores...
En discos internos si se suele decir que hay más limitaciones, pero yo tengo un hdd chino, que no es WD como suelen recomendar, ni ningun modelo que yo haya conocido, y funciona perfectamente como interno.
Luego pase uno de una PS3 de 40 GB también a una Xbox, y sin problema. Este ya si era marca conocida, pero no la recuerdo.
Salu2.