¿Que es lo que se te pone en reposo, el disco duro interno o el externo?
Si es el interno, es facil, quita la opción de ahorro de energía. El externo no debería ponerse en reposo si está en funcionamiento.
De todas formas, quita la opción del ahorro de energía para tu primera copia, que tardará bastante, y siempre con el ordenador enchufado. Luego no hará tanta falta ya que hará "mini-backups" de lo que ha cambiado en tu ordenador, el resto si no has modificado nada, lo dejará igual.