el disco duro puede estar en NTFS perfectamente, pero sería de sólo lectura. para tener escritura ha de estar en fat32 o, aunque io no lo he comprobado osea no es seguro, en ext3
por lo demás efectivamente tiene que estar en carpetas como la psp
un saludo
edito: prueba lo del boton triangulo, que creo que tb funciona, la ps3 escanearía el arbol de directorios en busca de archivos conocidos.