Discos parándose en Win7

Holas! tengo un problema que me está minando bastante la moral, y que estoy seguro al 99% de que es problema de software... Básicamente, es como si los discos duros (tengo 2) se "congelasen" o se parasen durante... unos segundos o incluso 1-2 minutos. Lo que sucede es que el sistema (Windows 7) se "congela", no es que se pare el ratón y no se pueda hacer nada, sino que, por ejemplo, quiero abrir algún programa o cualquier cosa y no se abre, y el LED de actividad del disco que tiene la caja del ordenador está apagado por completo (cuando lo normal en este sistema es que esté 24/7 en rojo ).

Digo que dudo mucho que sea problema de hardware porque en GNU/Linux no me pasó nada similar, y uso ambos sistemas más o menos 50%-50%, por lo que si fuese de hardware, sería raro que no me tuviese pasado en Linux alguna vez. También he visto el estado de los discos con crystaldisk, ambos están en Buen estado. Un disco es un WD de 250GB y otro un WD Green de 1TB, los sistemas van en el de 250 y programas y juegos van repartidos entre ambos, aunque casi todo (sobre todo juegos) en el de 1. Cosa interesante a destacar es que, por suerte, no suele congelarse esto cuando estoy jugando, aunque sí que me pasaba mucho al jugar la beta del Star Wars Battlefront, que se pasaba los 2 o 3 primeros minutos tras arrancar el juego con unos lags tremendos, que achaco a este problema (porque se veía lo mismo, cómo cuando había lags la luz de actividad de disco estaba apagada, y al volver a la acción la luz se encendía y parpadeaba como de costumbre).

También he comprobado que en opciones de energía no esté activada la opción de que se apaguen los discos sólos, y que éstos no tengan activadas las casillas de ahorro energético en el administrador de dispositivos. Este error no sucede demasiado a menudo, pero sí las veces suficientes como para que sea molesto (si tuviese que decir una cifra, no sé, igual 1 de cada 3 veces que uso el sistema).

A alguien se le ocurre alguna idea?

Salud!