Hace tiempo escribí a AMD preguntando sobre la conductividad de la pasta térmica de un disipador Wraith Stealth por una mala aplicación, y me respondieron que tenía componentes metálicos, plata entre ellos. Según los componentes metálicos que tengan estas pastas, pueden reaccionar con el cobre y producir manchas que no afectan al rendimiento. El galio, por ejemplo, que es la base de muchas pastas térmicas metálicas, corroe literalmente el aluminio y deja manchas permanentes en el cobre.
En mi caso logré limpiar las manchas no con alcohol, sino con acetona. De todas maneras, no es necesario, ya que esas manchas son superficiales y no compromenten las propiedades del cobre.
Saludos.