Si conectas al reves la disquetera, sencillamente NO funciona, se queda encendida y no se mueve de ahi.
Probablemente el problema es mas sencillo, y es que has conectado el enchufe erroneo en la disquetera. Si te fijas, entre el primer y el segundo conector hay un pedazo de cable girado... la diferencia entre ambos conectores es que uno de ellos hace que la unidad sea la "A" y el otro la "B".
Lo que ocurre sencillamente es que tienes conectada la disquetera en el conector erroneo, y muchas bios por defecto creen que la unidad "B" es una unidad de 5 1/4, asi que cambia el conector y deberia de funcionar todo.