Desde gestión de datos lo veo díficil. Hay juegos que es fácil distinguir por el idioma (Por ejemplo Super Paper Mario USA y EUR) pues el mensaje que acompaña al save viene en idiomas distintos, en ingles y español, pero Mario Kart viene en español tanto para América como para Europa.
Con Any Title Deleter, sería lo más recomendable, el ID del save de europa termina siempre en P y el de América en E.
Para ser mas claros:
RMCE es el ID para el save de la versión NTSC
RMCP es el ID para el save de la versión PAL