Bueno pues no se cual gestor FTP usaras pero a mi el FlasFXP solo me sube un archivo a la vez y cuando la carpeta del juego tiene cientos de archivos pequeños la velocidad baja drasticamente a menos de 2 MB/s en cambio al pasar una sola ISO la velocidad es constante de 8 MB/s.
Al menos en mi caso personal siento una considerable diferencia de tiempo al subir ISOS que al subir las carpetas del juego, siempre y cuando claro esta, dichas carpetas contengan miles de archivos pequeños, si contiene pocos archivos y grandes no noto diferencia.
Sobre los nombres de archivos largos tienes razon pasa en muy pocos juegos, pero por ejemplo el TOCA Race Driver 2 me fue imposible jugarlo ya que al pasarlo a una carpeta al HD de la xbox los nombres de archivo se truncaban y el juego no me funcionaba, solo corria bien desde el disco original.
No se a que te refieres con lo otro pero desde que concoci el ISO loader es mi preferido solo meto la ISO en la carpeta del ISO loader y los juegos funcionan a la perfección, no tengo que andar parcheando nada mas, el unico pero era que no se podia cargar ISOS de mas de 4 GB debido a las limitaciones del FATX pero ahora gracias a hal9000 ya se como hacerlo.
Salu2