para salir del paso al menos, en los paneles de toda la vida de gnome puedes colocar cajones con los lanzadores que te de la gana dentro. Prueba a ponerte algo de eso en un panel nuevo de 48 o 72 px de ancho a la izquierda de la pantalla, por ejemplo, y le das transparencia y todo lo que quieras para dejarlo lo más parecido al awn que puedas.
De hecho estoy pensando si en el awn se podrán meter movidas de gnome tal cual... si fuese así ya lo tendrías solucionado.