Con el WiiScrubber puedes sacar el Dol alternativo, y todo lo que quieras de la ISO.
Si es para cargar algún juego en concreto, prueba a usar el uLoader, este cargador permite seleccionar el dol alternativo que quieras cargar (Juegos como THOTD 2 & 3, Metroid Triology....)
Salu2!