Mosquea un poco que sea solo medio pene y encima te moleste con el simple tacto con la ropa. Se llama alodinia y a veces aparece en un tipo de dolor que se llama neuropático, y que suele acompañar a las lesiones de nervios. Por lo que cuentas podrías tener algún tipo de lesión (99.99% de las veces transitoria) de un nervio peneano. Me acercaría al médico a ver qué dice. Ese tipo de dolor por lo general no responde bien a AINEs y otros analgésicos convencionales. Sin explorarte no me atrevo a decir más
Un saludo ^^
EDIT: ¿Te has hinchado a follar últimamente?