Para empezar te recomiendo que empieces a practicar con la terminal, te ayudará a entender mejor el sistema. Te recomiendo probar distros en máquinas virtuales, para que empieces a coger soltura hasta que sepas exactamente lo que hagas y no tengas miedo de trastear. Distros hay muchísimas, pero podrías optar por las opciones más simples como las basadas en Debian. Xubuntu por ejemplo, que no es más que Ubuntu con otro entorno de ventanas, o Linux Mint. Hay más opciones, pero podrías empezar por ahí. Los comandos básicos como son moverse entre directorios, crear archivos, modificarlos, cambiar permisos, estado de los procesos en ejecución, entender el concepto de repositorio, cómo usarlos y las particularidades de cada sistema en este aspecto, qué son los puntos de montaje, enlaces simbólicos, sistemas de ficheros... Hay muchas cosas que aprender, y no hay unas pautas definidas para aprender, simplemente instala un sistema Linux en una máquina virtual y empieza a trastear con las cosas sencillas.
Conocer la estructura de directorios también puede ser un punto de partida, sobre todo si lo haces mediante comandos. En realidad, los comandos y las particularidades también te servirán para otros sistemas basados en Unix, o al menos la mayor parte.
Una vez que hayas cogido cierta destreza, podrías instalar un Arch Linux, que también puede servir para aprender a coger soltura, ya que su instalación es prácticamente mediante comandos. Y no sé qué más decirte, con buscar "comandos básicos de linux" en Google ya te sale una lista de esos comandos más simples. Como todo en esta vida, se necesita práctica, práctica y más práctica. Los resultados ya irán apareciendo por sí solos.
