Si lo ingresas en cuenta, en cualquier banco(que tengas cuenta claro), la comision suele ser un porcentaje segun el nominal del cheque, pero vamos a no ser que sea de mas de 10.000€ no te subira mucho la comision.
En efectivo no te lo puede pagar ningun banco, si lo ingresas como concepto de nomina no te cobraran comision, pero tienes que justificarlo.
Un saludo