Lo mejor es que en el general de este foro (
http://www.elotrolado.net/forumdisplay.php?s=&forumid=66 ) pruebes a poner arriba en busqueda pogoshell y veras algunos posts donde se explica como funciona, mas o menos detalladamente, de todas formas te lo explico yo un poco y si tienes alguna duda en concreto preguntala.
En la carpeta "root" metes las roms de los juegos que te quepan, ten en cuenta que el pogoshell ocupa un poquito de memoria, entonces si tienes una tarjeta de 256mb tienes que meter por ejemplo 3 juegos de 64mb y uno de 32mb para no llegar a 256mb justas con por ejemplo 4 de 64mb, ya que asi no podrias grabar al cartucho el pogoshell. Una vez metidas ahi las roms, ejecutas el go.bat o create.bat y se crea automaticamente un fichero q se llama rom.bin y q es el q tienes q grabar del modo como si fuera una rom normal. Si quieres meter partidas salvadas, metelas con el mismo nombre de la rom en el directorio "root\.saves" antes de crear la rom.bin y cuando ejecutes algun juego desde el pogoshell, si metiste los saves con el mismo nombre que la rom, se carga la save perfectamente. Luego cuando quieras sacar las partidas salvadas del pogoshell, puedes mirar este post
Partidas guardadas del pogoshell donde se exponen las 2 formas de extraer las partidas, y luego hay muchas mas opciones para usar en el programa que yo de momento estoy probando poco a poco, si le das a select en las pantallas, te salen las acciones que puedes hacer. Aqui tienes el tutorial que lleva el propio pogoshell traducido al castellano por Nephiel
Otro post del pogoshell y tambien tienes los textos del programa para descargarlos.
Un saludo.